Fils de Sidy Ousmane Sy et de Sokhna Fatoumata Wade Wele, El hadji Malick Sy est né à Gaé près de Dagana vers 1855. Sa date de naissance reste incertaine. En effet, la tradition orale indiquant que son « entrée dans ce village » eut lieu le 25 février 1855, il en a été déduit qu’il était né ce jour-là.
Sa lignée paternelle est originaire du Boundou, c’est de l -bas qu’elle essaima vers Souima (dans la commune de Podor et le Djoloff. Son père fit une partie de ses études en Mauritanie mais s’arrêta également à Gaé pour étudier un ouvrage auprès d’un érudit du nom de Malick Sow. Il y connut une veuve,Fatimata Wade dite Fawade Wéllé et la prit comme épouse.
Elle se signalait par sa sainteté et sa sollicitude envers les Talibés.Pour eux, elle était une véritable Ndeyi daara (parent d’élève).Thierno Ousmane Sy devait mourir avant la naissance de Malick Sy, durant un séjour au Djoloff. Il put laisser cependant en héritage une bibliothèque et comme testament des instructions concernant l’éducation de l’enfant à naître. Il demanda également que le nom de son marabout à Gaya, Thierno Malick Sow fut donné à l’enfant qui naîtrait s’il était garçon. Sa mère et son oncle Alpha Mayoro Wéllé ne ménagèrent aucun effort pour l’éducation du jeune Malick.
El Hadji Malick écrit lui-même dans son ouvrage Ifhâm al munkir al – jâni : « je fus recommandé à ses détenteurs -des sciences islamiques- les plus éminents et les plus compétents par mon oncle maternel… ».
C’est ainsi qu’après avoir appris le coran qu’il mémorisa tôt, il sillonna le pays de long en large, d’Est en Ouest. Une quête obstinée qui dura vingt – cinq longues années lui permit d’asseoir de solides connaissances dans tous les domaines des sciences religieuses et même profanes (mathématiques, astronomies, prosodie et poésie). .
Malick Sy séjourne en Mauritanie, s’installe à Saint-Louis en 1884, puis à Louga, et Pire avant de s’établir à Tivaouane en 1902 suivant les suggestions de son beau père l’érudit Mor Massamba Diery Dieng père de son épouse Sokhna Yacine Dieng et à la suite d’une demande,du grand notable Djibril Guèye qui l’invita à y rester. Il débuta sa formation religieuse à Gaé avec Thierno Malick Sow et Alpha Mayoro Welé, des parents de sa famille maternelle.
Malick Sy ira poursuivre ses études coraniques au Djolof, vers Sagatta, avec son oncle Amadou Sy. Malick Sy alla au Fouta, dans le cercle de Saldé, chez Abdou Bitèye. Il finira sa formation coranique chez d’autres maîtres du Fouta, dont Mamadou Top à Podor. À Saint-Louis, Malick Sy rencontra sa première épouse Sokhna Rokhaya Ndiaye.
Il alla à la Mecque pour la première fois en 1888. Il revint de la Mecque avec le titre de Khalife de la Tidjaniya pour le Sénégal. Dans son travail d’initiation au tidjanisme auprès des Sénégalais, Il fut beaucoup aidé par les groupements omariens, eux-mêmes tidjanes. Malick Sy fit une propagande discrète, surtout centrée sur la diffusion de la confrérie dans les centres urbains, avec la construction de mosquées et de daaras – écoles d’enseignement islamique –, au Waalo, Cayor, Fouta, Djolof, Sine-Saloum.
En Afrique subsaharienne, Malick Sy a beaucoup contribué à la propagation de l’islam et de la confrérie soufie fondée par Ahmed Tijani, il est l’auteur de plusieurs ouvrages dont Qilâsu thahab. Une fois à Tivaouane, il œuvra pour la célébration du Maouloud parmi les musulmans du pays où on l’appelle gamou a tel point qu’au Sénégal cette fête musulmane célébrant la naissance de Seydina Mouhamad (PSL) est surtout associée aux tidjanes.
beaucoup d’infrastructures senegalais porte son nom. L’avenue Malick Sy, qui perpétue sa mémoire à Dakar, est une grande artère transversale qui marque la limite entre la Médina et le quartier de Dakar-Plateau situé au sud de la capitale. Un lycée de Thiès porte également son nom.
La zawia de Elhadji Malick Sy à Tivaouane figure sur la liste des sites et monuments historiques classés. Elhadji Malick Sy s’éteignit le 27 juin 1922 à Tivaouane où il fut inhumé. Son mausolée fait l’objet de nombreuses visites, appelées ziar, de la part des nombreux disciples venus s’y ressourcer, surtout en période de Gamou où la ville de Tivaouane connaît une très forte affluence.