Les secrétaires d’Etat disposent de beaucoup moins de pouvoir que les ministres délégués. Ils ne gèrent pas de budget propre et ne peuvent pas signer de décrets. Ils ne siègent au conseil des ministres que lorsque l’ordre du jour s’intéresse à leur portefeuille.
Au bas de l'échelle dans l'ordre protocolaire du gouvernement, ils sont les plus éloignés géographiquement du président et du premier ministre à la table du conseil des ministres. Lors des cérémonies publiques, ils sont également placés aux derniers rangs des membres du gouvernement, selon l’ordre de préséance établi. Selon ce même ordre, ils sont autorisés à prendre la parole en premier, puisque les allocutions « sont prononcées par les autorités dans l'ordre inverse des préséances ».
Les secrétaires d'Etat sont également légèrement moins bien payés que leurs homologues ministres et ministres délégués.
Les ministres délégués agissent sur un champ de compétence plus spécialisé, sous l'autorité du premier ministre ou d'un ministre de tutelle.
Les secrétaires d'Etat exercent leurs fonctions soit sous l'autorité du premier ministre ou d'un ministre, soit de façon autonome à la tête d'un département ministériel.
Une possibilité de cumuler ?
Comme les ministres, les secrétaires d'Etat ne peuvent cumuler leur fonction avec un poste de député ou de sénateur. Ils doivent donc abandonner temporairement leur siège à l'Assemblée nationale ou au Sénat à leur suppléant(e), jusqu'à leur sortie du gouvernement.
En revanche, rien leur interdit stricto sensu de conserver leurs mandats locaux de maire.